Здравствуйте KimSS,
К сожалению, при редактиоровании файлов с H.264 видео потоком действительно применяется частичное перекодирование, и поэтому качество может ухудшаться.
Чтобы этого измежать попробуйте отредактировать Ваш файл в режиме с точностью до группы кадров в SolveigMM Video Splitter.
Для этого нужно перед началом редактирования снять галочку в меню "Точность до кадра (Умный режим)" в меню "Управление".