Поторопился написать, что все в порядке. Первый файл отредактирован успешно, но все последующие - та же самая проблема, переменный фреймрейт. Попробовал AVI Trimmer+ MKV, ситуация точь-в-точь: первый запуск - нормально, дальше брак. Для примера можно взять этот файл: http://www.nim.ru/videofiles/ivi_NIM_59_OV_1.mp4