Здравствуйте Prog,
Вероятнее всего, при исправлении с помощью ffmpeg происходит перекодирование исходного файла. Поэтому, при попытке добавить не исправленный и исправленный файл в медиатеку вы получаете ошибку, т.к. параметры файлов не совпадают. Полагаю, вам нужно пробовать редактировать только один файл, или, если вам необходимо редактировать именно несколько файлов, добавлять в медиатеку только исправленные (только не исправленные). В таком случае параметры файлов будут совпадать.
Проблема с некорректной обработкой файлов с мобильных устройств, в которых есть информация о повороте, нам известна, но пока, к сожалению, не исправлена.